Da folgte unter Cheftrainer Eckhard Krautzun nach einem 1:1 im Ulrich-Haberland-Stadion in Leverkusen am 34. und damit letzten Spieltag der Saison der tränenreiche Abschied der Pfälzer nach 33 Jahren durchgehender Ligazugehörigkeit.
Eine Woche später folgte der Pokalsieg im Finale gegen den Karlsruher SC und nur ein Jahr danach kehrten die Pfälzer als Zweitligameister 1997 zurück in die Bundesliga.
Dass der FCK als Aufsteiger im Jahr 1998 Deutscher Meister wurde, ist bis heute unerreicht und hat zusammen mit Otto Rehhagel als Architekt des Erfolgs seinen Platz in den Annalen der Geschichtsbücher des deutschen Fußballs.
Mit einem 2:2 im Endspiel gegen den direkten Konkurrenten VfL Wolfsburg ging es für die Lauterer 2006 wieder zurück in die 2. Bundesliga. Nachdem man 2008 im "Herzblut-Finale" unter Coach Milan Sasic dem Abstieg in die Drittklassigkeit im letzten Moment entkommen war, schaffte man 2010 als souveräner Zweitligameister mit Trainer Marco Kurz den Wiederaufstieg. Doch dieses Mal dauerte es nur zwei Saisons, bis der Fahrstuhl 2012 die Jungs vom Betzenberg wieder ins Unterhaus führte.
Im Jahr darauf noch in der Aufstiegsrelegation an Hoffenheim gescheitert, rückte der Wiederaufstieg in den folgenden Jahren in immer weitere Ferne, bis man sich schließlich in der Saison 2017/18 im Abstiegskampf befand. Mit Norbert Meier in die Saison gestartet (0 Siege / 2 Unentschieden / 5 Niederlagen), wirkte die Mannschaft unter Jeff Strasser stabilisiert (3 Siege / 4 Unentschieden / 5 Niederlagen), der jedoch aus gesundheitlichen Gründen zurücktreten musste. Die solide Bilanz des Nachfolgers Michael Frontzeck (3 Siege / 1 Unentschieden / 3 Niederlagen) reichte letztlich nicht aus - am 32. Spieltag war nach einer 3:2-Niederlage in Bielefeld der erstmalige Abstieg in die 3. Liga besiegelt.
Die Entwicklung in den tristen Drittligajahren, die zudem noch zu einem Gutteil von der Corona-Pandemie überschattet worden sind, führte nach erfolglosen Aufstiegsversuchen schließlich im Jahr 2021 fast zum Abstieg in die Viertklassigkeit, was durch die Installation von Marco Antwerpen im letzten Moment verhindert worden ist.
In der darauffolgenden Saison ging es nach verhaltenem Start schließlich steil bergauf: Über die Relegation unter dem kurzfristig für Antwerpen installierten Dirk Schuster ging es gegen Dynamo Dresden 2022 nach 4 Jahren in der 3. Liga zurück in die 2. Bundesliga.